Troligen placerades fartyget där i början av 1800-talet för att skapa fast mark på platsen som innan dess var en del av Hudsonfloden. Enligt arkeologen Molly MacDonald, som länge arbetat med utgrävningar på området, är en tredjedel av nedre Manhattan uppbyggd av timmer och trä som människor en gång lagt dit för bygga pirar och klippor.
De senaste 40 åren har flera skepp hittats i området.
– Men det är ganska ovanligt och spännande att hitta det här på platsen för World Trade Center, sade MacDonald till CNN.
Skeppet, som tros vara från 1700-talet, låg begravt sex meter under jorden och hade inte tagit skada när de två tvillingtornen byggdes.